Wednesday, 31 August 2016

Penjelasan Lengkap Metabolit Sekunder Golongan Terpenoid

A. Metabolit Sekunder Golongan Terpenoid

Senyawa terpenoid terdapat bebas dalam jaringan tanaman, tidak terikat dengan senyawa-senyawa lain, tetapi banyak diantara mereka yang terdapat sebagai glikosida, ester dari asam organik dan dalam beberapa hal terikad dengan protein. Senyawa terpenoid dikaitkan terhadap bentuk strukturnya. Komposisi senyawa terpenoid (C10, C15, C20, C30 dan sebagainya) dapat dipandang merupakan kelipatan satuan lima atom karbon atau satuan tersebut mempunyai kerangka karbon isopentil. Berdasarkan penelitian pada tahun-tahun yang silam isoprena hidrokarbon terpena dipandang sebagai hasil dekomposisi pirolitik maka terpen dianggap tersusun dari "satuan isopren" (Sastrohamidjojo, 1996).

Keturunan struktur terpenoid didasarkan pada kaidah isopren yang menyatakan bahwa struktur molekul terpenoid dibangun oleh dua atau lebih unit isopren yang saling berkaitan secara kepala-ke-ekor. Kaidah ini merupakan ciri khas dari sebagian besar terpenoid sehingga dapat digunakan sebagai hipotesis dalam menetapkan struktur terpenoid (Achmad, 1986).

Triterpenoid adalah senyawa yang kerangka karbonnya berasal dari enam satuan isoprena dan secara biosintesis diturunkan dari hidrokarbon C30 asiklik, yaitu skualena. senyawa ini berstruktur siklik yang nibsi rumit, kebanyakan berupa alkohol, aldehida, atau asam karboksilat. Mereka berupa senyawa tanpa warna, berbentuk kristal, seringsekali bertitik leleh tinggi dan aktif optik, yang umumnya sukar dicirikan karena tak ada kereaktifan kimianya. Triterpenoid dapat dipilih menjadi sekurang-kurangnya empat golongan senyawa yaitu triterpena sebenarnya, steroid, saponin dan glikosida jantung (Harborne, 1987).

Fungsi ekologi triterpenoid bagi tumbuhan yang mengandungnya yaitu sabagai antifungus, insektisida, antipemangsa, antibakteri dan antivirus. Triterpenoid telah digunakan sebagai komponen aktif dalam obat diabetes, gangguan menstruasi, patukan ular, gangguan kulit, kerusakan hati dan malaria (Robinson, 1995).


Sumber rujikan/Daftar pustaka:

Achmad, S. A. 1986. Kimia Organik Bahan Alam. Jakarta: Karunika.

Harborne, J.B. 1987. Metode Fitokimia. Bandung: Penerbit ITB.

Robinson, T. 1995. Kandungan Kimia Organik Tumbuhan Tingi. Bandung: Penerbit ITB.

Sastrohamidjojo, H. 1996. Sintesis Bahan Alam. Yogyakarta: Penerbit Gadjah Mada Universitas Press.

Tuesday, 30 August 2016

Penjelasan Lengkap Deskripsi Dan Klasifikasi Tanaman Ketepeng Cina

A. Deskripsi Tanaman Ketepeng Cina (Cassia alata L.)

Ketepeng Cina (Cassia alata L.) merupakan jenis perdu yang besar dan banyak tumbuh secara liar di tempat-tempat yang lembab. Kini tumbuhan ini sering dipelihara sebagai perindang halaman rumah atau gedung. Ketepeng cina atau sering juga disebut sebagai ketepeng kerbau mempunyai percabangan banyak, daunnya besar-besar berupa daun majemuk menyirip genap, berbau langu, anak daunnya kaku, bentuk jorong sampai bundar telur sungsang berpasangan 5-12 baris, panjang anak daun 3-15 cm , lebar 2,5-9 cm, ujung daun tumpul, pangkal daun miring, tepi daun rata, tangkai anak daun 2 cm. Bunga tersusun dalam tandan bertangkai panjang, tegak, letaknya diujung-ujung cabang. Mahkota bunga bearna kuning terang. Buah berupa polong yang gepeng, hitam, bersayap pada kedua sisinya dengan panjang 10-20 cm dan lebar 12-15 mm, yang pecah bila sudah masak dan berisi 50-70 biji (Suprapto, 2003). Ketepeng cina tumbuh subur pada dataran rendah sampai ketinggian 1400 m di atas permukaan laut (dpl) (Arisandi, 2006).

Ketepeng juga dikenal dengan nama cassia alata, suatu jenis yang termasuk suku johar-joharan. Tumbuhan ini biasa diperbanyak dengan biji, tetapi seperti tumbuhan johar-joharan lainnya, ketepeng juga dapat diperbanyak dengan stek. Untuk pertumbuhan selanjutnya ketepeng memerlukan pemupukan dan banyak air (Sastrapradja, 1980).

Sebagai tumbuhan obat seduhan daunnya dapat digunakan sebagai obat pencahar, tumbukan daun atau bunganya digunakan sebagai obat luar untuk macam-macam penyakit kulit seperti kudis, kurap dan panu (LIPI, 1980).

B. Klasifikasi Tumbuhan Ketepeng Cina (Cassia alata L.)

Secara taksonomi, tumbuhan ketepeng cina dapat diklasifikasikan menurut (Steenis, 2008) sebagai berikut:

Divisi : Spermatophyta
Sub divisi : Angiospermae
Kelas : Dicotyledonae
Ordo : Resales
Famili : Leguminosae
Genus : Cassia
Spesies : (Cassia alata L.)

C. Nama Daerah Tumbuhan Ketepeng Cina (Cassia alata L.)

(Inggris) : Seven golden candlestick; (Jawa) : Ketepeng Kebo; (Indonesia) : Ketepeng cina; (Sunda) : Ketepeng badak; (Madura) : Acon-aconan; (Halmahera) : Sajamera; (Ternate) : Kupang-kupang; (Tidore) : Tabankun; (Sumatera) : Daun kupang, daun kurap, gelenggang, uru'kap; (Simalur) : Bulinggang balah (Thomas, 1992).



Sumber rujukan/Daftar pustaka:

Arisandi, Y dan Yovita A. 2006. Khasiat tanaman obat. Jakarta: Pustaka Baru.

LIPI. 1980. Tumbuhan Obat. Jakarta: PN Balai Pustaka.

Sastrapradja, S. 1980. Tumbuhan Obat Lembaga Biologi Nasional-LIPI. Jakarta: penerbit PN Balai Pustaka.

Steenis, V. 2008. Flora untuk sekolah di Indonesia. Jakarta: Penerbit PT. Pradnya Paramita.

Suprapto, W. 2003. Tumbuhan untuk pengobatan. Jakarta: Penerbit  PT. Grasindo.

Thomas, A.N.S. 1992. Tanaman obat tradisional 2. Yogyakarta. Kanisius.

Monday, 29 August 2016

Penjelasan Lengkap Tentang Antioksidan

A. Antioksidan

Antioksidan juga dapat didefinisikan sebagai inhibitor yang bekerja menghambat oksidasi dengan cara bereaksi dengan radikal bebas reaktif membentuk radikal bebas tidak reaktif yang relatif stabil (Sofia, 2004). Penggunaan senyawa antioksidan juga antiradikal saat ini semakin meluas seiring dengan semakin besarnya pemahaman masyarakat tentang peranannya dalam menghambat penyakit degeneratif seperti penyakit jantung, kanker, serta gejala penuaan. Masalah-masalah ini berkaitan dengan kemampuan antioksidan untuk bekerja sebagai inhibitor  reaksi oksidasi oleh radikal bebas reaktif (Kuncahyo, 2007).

Antioksidan terbagi menjadi antioksidan enzim dan vitamin. Antioksidan enjim meliputi superoksida dismutase (SOD), katalase, dan glutation peroksidase (GSH.Prx). Antioksidan vitamin mencakup alfa tokoferol, beta karoten, dan asam askorbat yang banyak didapatkan dari tanaman dan hewan (Kuncahyo, 2007).

Senyawa antioksidan dalam makanan memiliki peranan penting sebagai faktor pelindung kesehatan. Fakta ilmiah menyatakan bahwa antioksidan mengurangi resiko penyakit kronis termasuk kanker dan penyakit hati. Sumber utama dari antioksidan alami adalah padi-padian, buah-buahan, dan sayur-sayuran. Antipksidan yang bersumber dari tanaman sperti vitamin C, vitamin E, B-karoten, asam fenolik telah diketahui memiliki kemampuan untuk mengurangi resiko penyakit (Prakas, 2001).

Fokus dalam penggunaan antioksidan adalah subtansi dalam tubuh yang disebut radikal bebas. Penelitian mengungkap bahwa antioksidan dapat melindungi tubuh dari konsentrasi radikal bebas yang tinggi yang mengarah pada penyakit (Puspitasari, 2007).

Fungsi utama antioksidan digunakan untuk memperkecil terjadinya proses oksidasi dari lemak dan minyak, memperkecil terjadinya proses kerusakan dalam makanan, memperpanjang masa pemakaian dalam industri makanan, meningkatkan stabilitas lemak yang terkandung dalam makanan serta mencegah hilangnya kualitas sensori dan nutrisi. Antioksidan tidak hanya digunakan dalam industri farmasi, tetapi juga dugunakan secara luas dalam industri makanan, industri petroleum, industri karet dan sebagianya (Kuncahyo, 2007).

Antioksidan terdapat secara alami di dalam tubuh (endogen) dan dari berbagai senyawa di lingkungan kita (eksogen). Antioksidan tersebut dapat bersifat enzimatik dan non enzimatik, antioksidan enzimatik dijumpai dalam sel yaitu superoksida dismutase (SOD), enzim katalase (CAT), glutation peroksidase (GPX). Sementara jenis antioksidan non enzimatik diantaranya vitamin A, vitamin C, beta karoten, asam urat dan bilirubin. Secara alami antioksidan endogen tersebut terdapat dalam tubuh manusia sebagai suatu perlindungan tubuh dari pengaruh negatif dari radikal bebas yang dapat terbentuk selama berlangsungnya reaksi kimia di dalam tubuh (Sofia, 2004).

Sumber antioksidan dari bahan alami dapat kita perolah pada tumbuhan karena secara alami tumbuhan mengandung senyawa antioksidan (Eryani, 2007).

Pengaruh aktivitas antioksidan pada berbagai sumber antioksidan seperti pada tanaman, cairan tubuh atau pada suatu jaringan sangat penting dilakukan dalam kepentingan pemanfaatannya. Akan tetapi adanya perbedaan mekanisme dan titik kerja antioksidan dalam memerangi radikal bebas maka tidak memungkinkan suatu metode yang mengukur secara keseluruhan aktivitas semua senyawa antioksidatif dalam suatu sempel.

Beberapa metode pengukuran aktivitas antioksidan diantaranya adalah peredaman radikal bebas DPPH, peredaman radikal hidroksil, metode kekuatan reduksi, total kekuatan antioksidan, hingga metode yan banyak menhabiskan waktu, dan biaya yakni chemiluminescence.


Sumber rujukan/Daftar pustaka:

Eriyani, A. 2007. Uji aktivitas antioksidan dari ekstrak metanol batang akar kuning (Fibraurea tiactoria Lour) denga metode peredaman radikal 2,2-diphenyl-1-picrylhidrazyl (DPPH). Skripsi jurusan kimia Fakultas Mipa, Universitas Mulawarman.

Kuncahyo Ilham. 2007. Uji aktivitas antioksidan ekstrak belimbing wuluh (Averrhoa billimbi L) terhadap 1,1 diphenil-2-picrylhidrazyl (DPPH). Seminar nasional teknologi 2007. 24 November 2007. Yoryakarta.

Prakas, A. 2001. Antioksidan activity. Medalllion Laboratories Analytical Progress. Volume 19.No.2.

Puspitasari, E. 2007. Uji aktivitas antioksidan jus pegaan (Centella asiatical) dengan metode kekuatan reduksi. Skripsi jurusan Kedokteran umum Fakultas Kedokteran. Universitas Mulawarman Samarinda.

Sofia, D. 2004. Antioksidan dan Radikal Bebas. Artikel Kimia Mahasiswa Universitas Lampung. Situs web kimia indonesia kolom artikel. www.Chem-is try.com

Kandungan Dan Manfaat Tumbuhan Pacar Air

A. Kandungan Tumbuhan Pacar Air

Biji mengandung saponin dan fixed oil, (terdiri dari Y-spinasterol, B-ergosterol, balasminasterol, parinaric acid, minyak atsiri, kuersetin, turunan kaemferol, dan naphthagonidin). Bunga mengandung antosianin, sianidin, delfinidin, pelargonidin, malvidin, Kuersetin. Akar mengandung sianidin monoglikosida (Dalmartha, 2003). Daun pacar air (Impatiens balsamina Linn) mengandung kumarin, flavonoid, kuinon, saponin dan steroid (Adfa, 2007).

B. Kegunaan dan Khasiat

Tumbuhan pacar air berkasiat untuk menyembuhkan berbagai penyakit. Jenis-jenis penyakit yang dapat dicegah dan disembuhkan oleh tumbuhan pacar air adalah: tumor usus, kanker saluran pencernaan, usus buntu, menurunkan kolesterol, tekanan darah tinggi, remayik, pembengkakan, sakit pinggang, kaku pinggang, leher kaku, tarsuga (terkena duri ikan di tenggorokan), sigurdongon (peradangan di pinggir kuku), merangsang pertumbuhan rambut, pewarnaan kuku dan lain-lain.



Sumber rujukan/Daftar pustaka:

Adfa, M. 2007. Senyawa antibekteri dari daun pacar air (Impatiens balsamina Linn). Jurnal Gradien Vol.4 No.1 Januari 2008: 318-322

Dalimartha, S. 2003. Atlas Tumbuhan Obat Indonesia. Jilid 3. Jakarta: Penebar Swadaya.

Tinjauan Pustaka Klasifikasi Tumbuhan Pacar Air Dan Morfologinya

A. Sinonim dan Klasifikasi Tumbuhan Pacar Air (Impatiens balsamina Linn)

Klasifikasi dari tumbuhan pacar air (Impatiens balsamina Linn) adalah sebagai berikut:

Kingdom : Plantae (tumbuhan)
Subkingdom: Tracheobionta (berpembuluh)
Superdivisio : Spermathophyta (menhasilkan biji)
Divisio : Magnoliophyta (berbunga)
Kelas : Magnoliopsida (berkeping dua/dikotil)
Sub-kelas : Rosidae
Ordo : Geraniales
Familia : Balsaminaceae
Genus : Impatiens
Spesies : Impatiens balsamina Linn (Wijayakusuma, 1999).

B. Nama lokal

Tumbuhan ini memiliki banyak nama. Adapun nama daerah di Indonesia: lahine, paru inai (sumatera), pacar banyu (Jawa), pacar cai (Sunda), kimhong (Jakarta), pacar toya, pacar aik (Nusa Tenggara), tilanggele duluku, kolendingi unggaagu (Sulawesi), bunga taho, inai anyer (maluku). Adapun nama asing : impatiens (Inggris), feng xian hua (Cina) (Wijayakusuma, 1999).

C. Morfologi

Pacar air (Impatiens balsamina Linn) merupakan tanaman semusim, berbatang basah, bulat berbuku, licin, tegak, tinggi 30-80 cm, bercabang, warnanya hijau kekuningan. Biasa ditanam di halaman sebagai tanaman hias atau tumbuh liar di tempat yang cukup mendapat air dan sinar matahari. Daun tunggal, bertangkai, bentuk lanset memanjang, panjang 6-15 cm. lebar 2-3 cm, tepi bergerigi tajam, ujung dan pangkal runcing, pertulangan menyirip, warna hijau muda. Bunga tunggal, keluar dari ketiak daun, berkumpul 1-3, warnanya cerah (ada yang merah, orange, ungu, putih, dan sebagainya). Buahnya buah kendaga, berbentuk telur , elips, berambut, bewarna hijau, bila masak akan pecah menjadi 5 bagian yang terpilin. Bijinya bulat, kecil, hitam (Wijayakusuma, 1999).


Sumber pustaka/Daftar pustaka:

Wijayakusuma, H. dkk. 1999. Tanaman berkhasiat obat di Indonesa. Jakarta: Pustaka Kartini.

Wednesday, 24 August 2016

Penjelasan Analisis Keragaman Genetik Tanaman Secara Umum

A. Analisis Keragaman Genetik

Berdasarkan Sofro (1992) secara genetik tidak ada dua individu dalam satu spesies yang persis sama. Hal ini menyebabkan terjadinya Keragaman genetik. Menurut Zulfahmi (2013) informasi mengenai keragaman genetik tanaman pada tingkat, individu, spesies maupun populasi perlu diketahui karena dibutuhkan sebagai dasar pertimbangan untuk menyusun strategi konservasi, pemuliaan, pengelolaan dan pemanfaatan sumber daya genetik tanaman secara berkelanjutan.

Analisis keragaman genetik dapat dilakukan dengan dua cara yaitu melakukan analisis dengan berdasarkan karakter morfologi, dan dengan menggunakan penanda molekular (Zulfahmi, 2013). Kedua cara tersebut memiliki kelebihan dan kekurangannya masing-masing, akan tetapi apabila kedua teknik tersebut dikombinasikan maka akan mengoptimalkan hasil yang diperoleh dan memudahkan para ahli taksonomi dalam melakukan identifikasi suatu spesies dalam waktu yang relatif singkat.

Analisis keragaman genetik dengan metode konvensional atau analisis menggunakan morfologi adalah analisis yang dilakukan dengan fokus utama pengujian adalah ciri kualitatif dan kuantitatif yang bernilai ekonomi serta ciri yang secara biologi yang meliputi kemampuan hidup pada lingkungan, sifat produksi dan resistensi terhadap hama dan penyakit (Zulfahmi, 2013).

Analisis keragaman tanaman menggunakan karakter morfologi adalah cara yang paling mudah dan cepat, akan tetapi faktor lingkungan mungkin akan mempengaruhi karakter fenotip yang dihasilkan, selain itu identifikasi secara morfologi juga sulit dilakukan karena adanya perbedaan umur tanaman serta perbedaan pada jaringan tanaman.

Keterbatasan lainya yaitu dikarenakan penanda morfologi dilakukan dengan melakukan pengamatan pada seluruh bagian tanaman maka penanda ini tidak dapat mengakses langsung kebagian inti yang mengendalikan karakter dari individu. Sehingga diperlukan pengembangan penanda lain yang lebih akurat serta lebih efektif dan efesien. Zulfahmi (2013) mendefinisikan penanda molekular merupakan segmen DNA tertentu yang mewakili perbedaan antara individu satu dengan yang lain pada tingkat genom.

Penggunaan penanda molekular dapat menjadi alternatif dalam memenuhi kekurangan dalam penanda morfologi karena penanda molekular mampu menghasilkan keragaman yang tinggi, konsisten, serta tidak dipengaruhi oleh faktor lingkungan maupun tahap perkembangan tanaman. Selain daripada itu penanda molekular melakukan analisis pada tingkat gen yang merupakan bagian dari inti yang mengendalikan ekspresi suatu karakter.

DNA adalah polimer asam nukleat yang tersusun cara sistematis dan merupakan pembawa informasi genetik yang diturunkan kepada jasad keturunannya (Yuwono, 2005) hal tersebut menjadikan DNA menjadi sumber genetik yang paling akurat. Menurut Zulfahmi (2013) DNA ditemukan dalam hampir semua sel organisme, baik pada jaringan hidup maupun yang mati, ditambah lagi jaringan tersebut dapat secara mudah disimpan dibawah kondisi lapangan karena berada di dalam sel tanaman, maka penanda molekular ini memiliki keuntungan dibandingkan dengan penanda morfologi, yaitu stabil dan dapat dideteksi dalam semua jaringan tanaman, serta tidak dipengaruhi oleh lingkungan.

Penanda molekular DNA yang ideal memiliki kriteria sebagai berikut: (i). memberikan resolusi perbedaan genetik yang cukup, (ii). memiliki tingkat polimorfisme yang sedang hingga tinggi, (iii). terdistribusi secara merata diseluruh genom, (iv) dapat membedakan kondisi homozigot dan hiterozigot dalam organisme diploid atau bersifat kodominan, (v). berprilaku netral, (vi). memiliki teknik yang efektif dan efisien, (vii). memerlukan sedikit jaringan dan DNA sempel, (viii). berkaitan erat dengan fenotip, (ix). tidak memerlukan informasi tentang genom organisme, dan (x) data mudah dipertukarkan antara laboratorium (Mondini et al, 2009; Agarwal et al., 2008).


Sumber rujukan/Daftar pustaka:

Agarwal M, Shrivastava N, and Padh N, 2008. Advence In Molecular Marker Techniques And Their Aplication In Plant Science. Hal. 617-631. Plant Cell Reporter.27. DOI 10.1007/s00299-008-0507-z.

Mondini L, Noorani A, and Pagnotta MA, 2009. Assessing plant genetic diversity by molecular Tool. Diversity. l:19-35. DOI: 10.3390/d1010019.

Sofro, 1994. Keanekaragaman genetik. Hal: 9-11. Andi Offest. Yogyakarta.

Yuwono T, 2015. Biologi molekular. Hal: 49-15. Penerbit erlangga. Jakarta.

Zulfahmi, 2013. Penanda DNA untuk analisis genetik tanaman. Jurnal Agroekoteknologi. Vol 3(2): 41-52.



Sunday, 21 August 2016

Deskripsi Tanaman Lai-durian dan Penjelasannya Secara Rinci

A. Asal-usul ditemukannya spesies baru tanaman lai-durian

Kalimantan Timur merupakan salah satu provinsi di Indonesia yang menjadi daerah asal tanaman lai-durian. Hal ini dapat disebabkan olleh tanaman durian dan kerabatnya banyak ditemukan dihutan tropis kalimantan (Sobir dan Napitulu, 2012).

Menurut Sunaryo (2015) tanaman lai-durian banyak ditemukan di Kalimantan Timur dikarenakan banyak terdapat daerah yang merupakan sentra/pusat keberadaan tanaman yang menjadi tetua bagi tanaman lai-durian yaitu tanaman durian (Durio zibethinus) dan lai (Durio kutejensis) ditanam secara bersama. Tanaman lai-durian di Kalimantan Timur memiliki nama yang berbeda-beda disetiap daerahnya, di Kutai Barat lai-durian dinamakan holai atau lai sentawar, di Kutai Kartanegara dinamakan lai mendong batuah, sementara ditempat-tempat lain disebut sebagai durian-lai atau lai-durian (Sunaryo, 2015).

Penyebaran tanaman lai-durian di Kalimantan Timur lebih banyak ditemukan di kabupaten Kutai Kartanegara dan Kutai Barat (Sunaryo et al., 2015) hal ini dikarenakan hampir keseluruhan kecamatan di wilayah Kutai Kartanegar merupakan pusat penanaman lai dan pula menjadi daerah untuk penanaman durian, sehingga didapatkan tanaman lai-durian yang beragam dengan jumlah yang banyak.

Lai-durian merupakan hasil persilangan alami (natural outcrossing) antara durian (Durio zibethinus) dan lai (Durio kutejensis) (Sunaryo et al,. 2015). Dikarenakan tanaman ini hasil dari persilangan antara durian dan lai maka karakter morfologinya tanaman lai-durian adalah hasil perpaduan dari kedua tanaman tersebut.

Berdasarkan karakter morfologi tanaman lai-durian merupakan tanaman tahunan dengan bentuk pohonnya (tajuk) berbentuk seperti payung, bunga tanaman lai-durian adalah bunga sempurna yaitu memiliki kelamin jantan (serbuk sari) dan kelamin betina (putik) berada dalam satu bunga, aroma dari buahnya tidak menyengat, dengan warna kulit buah bewarna hiaju, daging buah bewarna kuning keemasan, dengan rasa manis dan tekstur yang lebih lembut dan kering, serta kandungan alkohol yang rendah (Sunaryo, 2015; Sunaryo et al., 2015).

Tanaman lai-durian memiliki karakter morfologi ukuran daun dan warna bunga yang tidak sama dengan durian ataupun lai akan tetapi berada ditengah-tengah antara tanaman durian dan lai, dari segi warna bunga, tanaman lai-durian memiliki bunga yang bewarna merah muda, sedangkan bunga pada tanaman durian bewarna putih atau putih kekuningan, dan pada tanaman lai memiliki bunga yang bewarna merah. Hasil diatas mendukung indikasi bahwa tanaman lai-durian merupakan hasil dari persilangan secara natural antara durian dan lai (Sunaryo et al., 2015)

Telah diketahui bahwa Durio sp memiliki tingkat variasi yang sangat tinggi dalam hal morfologi tanamannya, buahnya dan kandungan nutrisinya. Keragaman tersebut dikarenakan sistem penyerbukan secara terbuka oleh spesies durian. Hal ini yang menjadi asal munculnya spesies baru yaitu tanaman lai-durian. Lai-durian memiliki tampilan morfologi yang berbeda diantara durian dan lai (Sunaryo et al., 2015)

Sebagian ahli tanaman menggolongkan lai-durian dalam spesies Durio excelus (Sunaryo., 2015). Durio excelus adalah golongan durian inedible fruit (tidak bisa dimakan) dengan karakteristik buah yang bewarna merah atau jingga dengan daging buah bewarna merah gelap yang tidak memiliki rasa.

Deskripsi tersebut sangat berbeda dengan buah tanaman lai-durian yang dijabarkan oleh Sunaryo et al (2015) yaitu buah tanaman ini bewarna hijau dengan daging buah bewarna kuning keemasan. Layaknya durian dan lai, tanaman ini dapat dimakan serta memiliki kandungan gizi yang sama tingginya dengan durian ataupun lai.



Sumber rujukan/Daftar pustaka:

Sobir, and Napitupulu RM, 2010. Bertanaman durian unggul. Penebar Swadaya, Jakarta.

Sunaryo W, 2015. Aplikasi DNA Bacording Untuk Analisis Keragaman Genetik Lai-durian (Durio zibethinus x kutejensis). Asal Kalimantan Timur. Biodiversitas. Vol 1(6)1273-1277.

Sunaryo W, Hendra M, and Rudarmono, Suprapto H, Pratama AN, Rahman, 2015. Exploration and indentification of lai-durian, new highly potential cultivar derived from natural crossing between Durio zibethinus and Durio kutejensis in East Kalimantan. Asian J Microbiol Biotech Env Sci 17 (2): 1-7.

Saturday, 20 August 2016

Penjelasan Amplifikasi DNA

A. Pengertian Amplifikasi DNA

Reaksi berantai polimerase (Polymerase Chain Reaction, PCR) adalah suatu metode enzimatis untuk melipatgandakan secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu dangan cara in-vitro. Empat komponen utama pada proses PCR adalah (i). DNA cetakan, yaitu fragmen DNA yang akan dilipatgandakan, (ii). oligonukleotida primer, yaitu suatu sekuen oligonukleotida pendek (15-25 basa nukleotida) yang digunakan untuk mengawali sintesis rantai DNA, (iii). deoksiribonukleotida trifosfat (dNTP), terdiri dari dATP, dCTP, dGTP, dTTP, dan 4 enzim DNA Polimerase, yaitu enzim yang melakukan katalis reaksi sintesis rantai DNA. Komponen lain yang juga penting adalah senyawa buffer (Yuwono, 2006).

Reaksi pelipatgandaan suatu fragmen DNA dimulai dengan melakukan denaturasi DNA template (cetakan) sehingga rantai DNA yang berantai ganda (double stranded) akan terpisah menjadi rantai tunggal (single stranded). Denaturasi DNA dilakukan dengan menggunakan panas (95 derajat celcius) selama 1-2 menit. Kemudian suhu diturunkan menjadi 55 derajat celcius sehingga primer akan "menempel" (annealing) pada cetakan yang telah terpisah menjadi rantai tunggal. Primer akan membentuk jembatan hidrogen dengan cetakan pada daerah sekuen yang komplementer dengan sekuen primer. Kemudian setelah dilakukan penempelan oligunukleotida primer dengan DNA cetakan, suhu inkubasi dinaikan menjadi 72 derajat celcius selama 1,5 menit, pada suhu ini DNA polimerase akan melakukan proses polimerase rantai DNA yang baru berdasarkan informasi yang ada pada DNA cetakan (Yuwono, 2006).


Sumber rujukan/Daftar pustaka:

Yowono T, 2006. Biologi molekular. Hal: 49-51. Penerbit Erlangga. Jakarta.

Monday, 15 August 2016

Peranan Penanda Molekular dalam Analisa Keragaman Genetik

Peranan Penanda Molekular dalam Analisa Keragaman Genetik

A. Peranan Penanda Molekular

Sejak ditemukannya suatu metode pelipatgandaan DNA secara in-vitro yang dikenal dengan Polymerase Chain Reaction (PCR), telah banyak pula berkembang teknik molekular berdasarkan PCR. Penemuan teknik-teknik molekular tersebut sangat membantu dalam perkembangan bidang ilmu Biologi molekular sehingga variasi makhluk hidup dapat langsung dideteksi pada tingkat gen, bukan hanya pada tingkat morfologi.

Teknik marka molekular dilakukan dengan cara mengidentifikasi tanaman atas dasar keberadaan sekuen DNA spesifik atau perbedaan kombinasi sekuen antar individu tanaman. Ada bermacam-macam metode yang dikelompokan menjadi dua yaitu: 1). penanda DNA tanpa PCR (non-PCR based technique) seperti RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism), 2). penanda DNA berdasarkan PCR yang meliputi RAPD (Random Amplified Polymorphyc DNA), AFLP ( Amplified Fragment Lenght Polymorphism), SSRs (Simple Sequence Repeats), CAPS (Cleaved Amplified Ploymorphic Sequence), dan DNA Bacording (Zulfahmi, 2013).

RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) merupakan teknik yang banyak digunakan dalam mempelajari variasi inter maunpun antar spesies dengan memanfaatkan enzim restriksi, teknik ini dapat mendeteksi adanya variasi genetik dengan akurat. Posisi dan besarnya variasi dapat diperkirakan dengan tepat (Sutarno, 1999).

Hasil pemotongan genom menggunakan enzim restriksi tertentu akan menghasilkan perbedaan panjang fragment DNA. Genom yang telah terfragmentasi kemudian dapat dianalisis. Melalui analisis selanjutnya dapat diketahui apakah pada sekuen target telah terjadi perubahan akibat adanya subtitusi basa (nukleotida), insersi, delesi, ataupun translokasi. Keuntungan dari penanda RFLP adalah pada umumnya bersifat kodominan yaitu dapat mendeteksi alel heterozigot dan homozigot, dan kekurangan dari teknik ini yaitu, memerlukan jumlah DNA yang lebih banyak, waktu yang lebih lama, memerlukan enzim restriksi yang spesifik dan menggunakan radioaktif yang telah diketahui tidak ramah dengan lingkungan (Pandin, 2010).

RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) merupakan salah satu penanda DNA yang dapat digunakan untuk mengkarakterisasi dan mempelajari keragaman genetik. RAPD dihasilkan melalui amplifikasi DNA berdasarkan Polymerase Chain Reaction (PCR). Hasil RAPD dipisahkan melalui teknik elektroforesis dan diwarnai dengan menggunakan pewarna DNA sehingga terlihat berbagai ukuran pita DNA (Arisetianingsih et al.,2010).

Metode RAPD mampu mendeteksi sekuen nukleotida dengan hanya menggunakan satu primer yang bersifat universal (dapat digunakan untuk sel prokariot dan eukariot). Primer tersebut akan berikatan dengan utas tunggal genom yang satu dan pada utas DNA pasangannya dengan arah yang berlawanan. Kelebahan lainnya dari pengguaan teknik ini yaitu mampu menghasilkan karakter yang relatif tidak terbatas jumlahnya, bahan-bahan yang digunakan relatif lebih murah, preparasi lebih mudah, dan memberikan hasil lebih cepat dibandingkan dengan analisis molekular lainnya (Weising et al., 1995).

AFLP (Amplified Fragment Lenght Polymorphism) merupakan penanda yang merupakan gabungan dari teknik dan RFLP. Penanda AFLP didasarkan pada amplipikasi selektif potongan DNA hasil restriksi genomik total dengan enzim restriksi endonuklease. Keunggulan teknik ini antara lain tidak memerlukan informasi sekuen dari genom dan perangkat oligonukleotida yang sama ketika dianalisis dan dapat diamplifikasi pada semua organisme termasuk tanaman, dengan hasil amplifikasi yang yang bersifat stabil, tingkat pengulangan dan variabilitasnya sangat tinggi (Vos et al.,1995). Kekurangan dari teknik ini adalah memerlukan waktu yang lebih lama dan keahlian khusus karena proses aplikasinya relatif lebih rumit, serta alat dan bahan yang digunakan sangat mahal (Dewi, 2008).

SSR (Simple Sequence Repeats) merupakan nama lain dari penanda mikrosatelit, mikrosatelit merupakan fragment DNA berulang sedrhana atau pendek, mikrosatelit memiliki unit berulang berkisar 1-6 base pair. SSR terdapat sangat banyak dan membayar di dalam genom, dan banyak digunakan pada tanaman (Pandin, 2010).

SSR memberikan kandungan informasi yang tinggi, pada umumnya pada lokus tunggal, bersifat kodominan, membutuh jumlah DNA yang sangat sedikit, relatif sederhana, dan deteksi yang didasarkan pada PCR menandakan bahwa SSR merupakan alat ideal untuk banyak aplikasi genetika (Karp et al.,1995; Rivera et al.,Saghai-Maroof et al., 1994; Morgante dan Olivieri, 1993).

CAPS (Cleaved Amplifed Polymorphic Sequences) merupakan kombinasi dari teknik RFLP dengan PCR, teknik ini digunkan untuk mengatsi kebutuhan DNA yang diperlukan dalam jumlah besar pada teknik RFLP, serta teknik ini akan mempersingkat waktu restriksi selama 24 jam menjadi 2-3 jam, hal ini akan mengefesiensikan waktu dalam proses menganalisis sample (Pandin 2010).

Kelebihan dari penanda CAPS yaitu: (1). membutuhkan kuantitas DNA template yang rendeh (50-100 ng per reaksi) untuk PCR, (2). bersifat kodominan (Matsumoto dan Tsumara, 2004) dan lokus spesifik sehingga dapat digunakan untuk membedakan indifidu homozigot dan hiterozigot, (3). tidak menggunakan radioaktif. Kelemahan penanda ini adalah: (1). dibutuhkan informasi sekuen DNA dalam mendesain primer spesifik untuk PCR; (2). sulit mendapatkan pola pita polimorfik karena ukuran fragment hasil amplifikasi PCR yang pendek yaitu 300-1800 bp serta terbatasnya mutasi, sehingga memerlukan skrining dengan banyak enzim restriksi (Zulfahmi, 2013).


Sumber rujukan/Daftar pustaka:

Arisetianingsih RED, Totok ADH, and Prakoso B, 2010. Keragaman genetik kedelai berdasarkan pola pita DNA hasil RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Agrin. Vol 14(1):37-43.

Karp A, Seberg O, and Buiatti M, 1996. Molecular Techniques in the Assessment of Botanical Diversity. Annals of Botany. Vol 78(2): 143-149.http://aob.oxfordjournals.org/content/78/2/143.short.

Matsumoto A, and Tsumara Y, 2004. Evaluation of Cleaved Amplified Polymorphic Sequence Markers. Theoretical and Applied Genetic. 110:80-91.

Morgante M, and Oliveari AM, 1993. PCR-Amplified SSRs as markes in plant genetic. Plant J.3:175-182.

Sutarno, 1999. Polimoephisme DNA mitokondria dari berbagai jenis sapi pedaging di Westerm Australia dan Bali. Surakarta: Universits Sebelas Maret.

Vos P, Hogers R, Bleeker M, Rejian M, Vandelee T, Hornes M, Frijters A, Pot J, Peleman J, Kuiper M, and Zabeau M, 1995. AFLP: A new techniques for DNA fingerprinting. Nucleic Acids Research. 23:4407-4414.

Weising K, Nybon H, Wolf K, and Kahl G, 2005. DNA Fingerprinting in Plants: Principles, Methods and Application. Second Edition. Taylor & Francis Group. Boca Raton.

Zulfahmi, 2013. Penanda DNA untuk analisis genetik tanaman. Jurnal Agroekoteknologi. Vol 3(2):41-52


Total Pageviews

Kategori